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| ■や行 | ||
| ヤグルマツノオリイレ | 海産貝類 | 新腹足目アクキガイ科 |
| ヤシャビシャク | 植物 | ユキノシタ科(スグリ科) |
| ヤチスギラン | 植物 | ヒカゲノカズラ科 |
| ヤチラン | 植物 | ラン科 |
| ヤツガシラ | 鳥類 | サイチョウ目ヤツガシラ科 |
| ヤナギスブタ | 植物 | トチカガミ科 |
| ヤナギトラノオ | 植物 | サクラソウ科(ヤブコウジ科) |
| ヤハズトウヒレン | 植物 | キク科 |
| ヤブサンザシ | 植物 | ユキノシタ科(スグリ科) |
| ヤブヒョウタンボク | 植物 | スイカズラ科 |
| ヤマキケマン | 植物 | ケシ科(ケマンソウ科) |
| ヤマキチョウ | 昆虫類 | チョウ目シロチョウ科 |
| ヤマクワガタ | 植物 | ゴマノハグサ科(オオバコ科) |
| ヤマコウモリ | 哺乳類 | コウモリ目ヒナコウモリ科 |
| ヤマサギソウ | 植物 | ラン科 |
| ヤマサナエ | 昆虫類 | トンボ目サナエトンボ科 |
| ヤマシギ | 鳥類 | チドリ目シギ科 |
| ヤマジソ | 植物 | シソ科 |
| ヤマシャクヤク | 植物 | ボタン科 |
| ヤマスカシユリ | 植物 | ユリ科 |
| ヤマセミ | 鳥類 | ブッポウソウ目カワセミ科 |
| ヤマトエンマコガネ | 昆虫類 | コウチュウ目コガネムシ科 |
| ヤマトキソウ | 植物 | ラン科 |
| ヤマトバッタ | 昆虫類 | バッタ目バッタ科 |
| ヤマトミクリ | 植物 | ミクリ科 |
| ヤマドリ | 鳥類 | キジ目キジ科 |
| ヤマナシウマノミツバ | 植物 | セリ科 |
| ヤマネ | 哺乳類 | 齧歯目ヤマネ科 |
| ヤマホロシ | 植物 | ナス科 |
| ヤマルリトラノオ | 植物 | ゴマノハグサ科(オオバコ科) |
| ヤラメスゲ | 植物 | カヤツリグサ科 |
| ヤリタナゴ | 淡水魚類 | コイ目コイ科 |
| ヤワラシダ | 植物 | オシダ科(ヒメシダ科) |
| ユウシュンラン | 植物 | ラン科 |
| ユキツバキ | 植物 | ツバキ科 |
| ユキヒメニナ | 海産貝類 | 原始腹足目キリガイダマシ科 |
| ユキワリコザクラ | 植物 | サクラソウ科 |
| ユビソヤナギ | 植物 | ヤナギ科 |
| ユビナガコウモリ | 哺乳類 | コウモリ目ヒナコウモリ科 |
| ユモトマムシグサ | 植物 | サトイモ科 |
| ヨコハマシジラガイ | 淡水産貝類 | イシガイ目イシガイ科 |
| ヨシガモ | 鳥類 | カモ目カモ科 |
| ヨシゴイ | 鳥類 | ペリカン目サギ科 |
| ヨスジキリガ | 昆虫類 | チョウ目ヤガ科 |
| ヨスジノコメキリガ | 昆虫類 | チョウ目ヤガ科 |
| ヨタカ | 鳥類 | ヨタカ目ヨタカ科 |
| ヨツボシカミキリ | 昆虫類 | コウチュウ目カミキリムシ科 |